Η πρόταση κανονισμού για τα Στρατηγικά Σχέδια της ΚΑΠ αποτελεί την πιο σημαντική μεταρρύθμιση καθώς με αυτή εντάσσονται σε κοινό νομοθετικό πλαίσιο οι άμεσες ενισχύσεις, ορισμένα μέτρα αγοράς της Κοινής Οργάνωσης Γεωργικών Αγορών και η αγροτική ανάπτυξη. Εισάγονται ορισμένα νέα στοιχεία, όπως η στροφή από το μοντέλο της συμμόρφωσης προς το μοντέλο των επιδόσεων - κατά το οποίο η Επιτροπή θα αξιολογεί τα αποτελέσματα δράσεων με συγκεκριμένη μεθοδολογία και σε περίπτωση αποκλίσεων θα υπάρχει αναστολή ή μείωση των δαπανών - και το αυξημένο «πρασίνισμα» των άμεσων ενισχύσεων, όπου μεταξύ άλλων εισάγονται νέες υποχρεώσεις κοινωνικού χαρακτήρα οι οποίες οφείλουν να τηρούνται από τους δικαιούχους προκειμένου να λαμβάνουν τις ενισχύσεις. Τα Στρατηγικά Σχέδια της ΚΑΠ 2023-2027 επηρεάζονται επίσης από την Ευρωπαϊκή Πράσινη Συμφωνία, τη Στρατηγική «Από το αγρόκτημα στο Πιάτο» και τη Στρατηγική για τη Βιοποικιλότητα. Με τις εν λόγω Στρατηγικές τίθενται και ποσοτικοί στόχοι (π.χ. για τη μείωση της χρήσης των χημικών φυτοφαρμάκων, των πωλήσεων αντιμικροβιακών ουσιών και της χρήσης λιπασμάτων) για την επίτευξη των οποίων η Επιτροπή έχει εκπονήσει συγκεκριμένες Συστάσεις για κάθε κράτος μέλος και οι οποίες πρέπει να ληφθούν υπόψη κατά το σχεδιασμό του Στρατηγικού Σχεδίου της ΚΑΠ.
Δύο από τα θέματα που το Ευρωπαϊκό Κοινοβούλιο θεωρεί ιδιαίτερα σημαντικά κατά τις διαπραγματεύσεις για τα Στρατηγικά Σχέδια της ΚΑΠ 2023 – 2027 είναι η λεγόμενη κοινωνική αιρεσιμότητα και το υποχρεωτικό ποσοστό για τα οικολογικά σχήματα. Με την προτεινόμενη από το Ευρωπαϊκό Κοινοβούλιο εισαγωγή και υποχρεωτική εφαρμογή της κοινωνικής αιρεσιμότητας επιβάλλεται μείωση των άμεσων ενισχύσεων στους δικαιούχους που δεν συμμορφώνονται με την εργατική και ασφαλιστική νομοθεσία, με κανόνες υγιεινής και ασφάλειας των εργαζομένων και άλλα κοινωνικά κριτήρια. Η θέση της Ελλάδας, την οποία έχει υποβάλει σε κοινή πρόταση με άλλα 11 κράτη – μέλη, είναι ότι οι σημαντικές διαφορές στη σχετική εθνική νομοθεσία των κρατών μελών μπορεί να οδηγήσουν σε μειώσεις πληρωμών ή σε αναστολή πληρωμών λόγω διαφορετικών επιπέδων κοινωνικών και εργασιακών δικαιωμάτων και, επομένως, σε στρέβλωση του ανταγωνισμού. Υποστηρίζεται επίσης ότι οι πρόσθετες «προϋποθέσεις» θα αυξήσουν σημαντικά το διοικητικό φόρτο, ιδίως στους μηχανισμούς ελέγχου και κυρώσεων, κάνοντας ένα ήδη πολύπλοκο σύστημα ακόμα πιο σύνθετο.
Το άλλο ζήτημα είναι η εισαγωγή ελάχιστου υποχρεωτικού ποσοστού των άμεσων ενισχύσεων για τα οικολογικά αγροτικά σχήματα. Πρόκειται για ένα νέο μέτρο στο πλαίσιο των άμεσων ενισχύσεων, υποχρεωτικό για τα κράτη – μέλη και προαιρετικό για τους αγρότες, με το οποίο θα παρέχεται οικονομική στήριξη στους παραγωγούς για περιβαλλοντικές πρακτικές που θα εφαρμόζουν στις γεωργικές τους εκμεταλλεύσεις. Τα κράτη - μέλη έχουν εκφράσει τον προβληματισμό τους σχετικά με τον προσδιορισμό του ελάχιστου ποσοστού (από το Ευρωπαϊκό Κοινοβούλιο προτείνεται το 30% ενώ από το Συμβούλιο το 20%). Υποστηρίζεται ότι είναι επισφαλής η εκτίμηση του βαθμού ανταπόκρισης των αγροτών σε μια παρέμβαση που δεν έχει δοκιμαστεί και επομένως αυξάνεται ο κίνδυνος να χαθούν άμεσες ενισχύσεις, ιδιαίτερα κατά τα πρώτα έτη εφαρμογής της. Αυτό θα είναι εις βάρος κρατών – μελών όπως η Ελλάδα των οποίων οι άμεσες ενισχύσεις είναι αρκετά υψηλές σε σύγκριση με τους πόρους της αγροτικής ανάπτυξης, σε αναλογία περίπου 1 προς 4.
Για τα θέματα αυτά – κοινωνική αιρεσιμότητα και ελάχιστο υποχρεωτικό ποσοστό για τα οικολογικά σχήματα – όπως και για άλλα εκκρεμή ζητήματα του νέου νομοθετικού πακέτου της ΚΑΠ η πορτογαλική προεδρία έχει καταθέσει συμβιβαστικές προτάσεις οι οποίες μένει να ιδωθεί αν θα βρουν ευήκοα ώτα στο επικείμενο Συμβούλιο Υπουργών Γεωργίας και Αλιείας.